Viện Đại học Cần Thơ được thành lập vào ngày 31/3/1966, trong cơ cấu tổ chức có Bộ phận hành chánh của Viện gồm: Văn phòng Viện Trưởng, Văn phòng Tổng thư Ký và các Phòng chức năng: Hành chánh và Văn thư, Nhân viên, Kế toán và Ngoại viện, Học vụ (có Tổng hội sinh viên ), Y tế Sinh viên, Thống kê- Hướng dẫn liên lạc quốc tế, văn phòng Liên lạc (đặt tại Viện Đại học Sài Gòn).

Ngày 09/9/1966, Bộ Giáo dục ra Nghị định thành lập Phòng Hành chánh và Văn thư trực thuộc Tòa Viện trưởng Viện Đại học Cần Thơ, với chức năng hành chính, giao dịch đối ngoại, liên lạc với các cơ quan trong và ngoài Viện, sưu tập tài liệu, thông tin, lưu trữ, tổ chức nghi lễ, tiếp tân…

Sau ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng 30/4/1975, Phòng Hành chánh và Văn thư được đổi tên thành Phòng Hành chánh Quản trị.

Ngày 26/8/1995, Phòng Hành chánh Quản trị được Bộ Giáo dục và Đào tạo ra Quyết định số 2960/GD & ĐT đổi tên (QĐ thành lập) thành Phòng Hành chính-Tổng hợp.

Năm 2007 phòng được đổi tên thành Phòng Kế hoạch Tổng hợp. Ngoài chức năng hành chính tổng hợp phòng còn bổ sung thêm chức năng lập, theo dõi và đôn đốc thực hiện kế hoạch của Trường.

Ngày 01 tháng 8 năm 2023 Phòng Kế hoạch Tổng hợp được đổi tên thành Văn phòng Trường nhằm phù hợp hơn đối với cơ cấu tổ chức hành chính văn phòng và đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính gắn với chuyển đổi số, nâng cao chất lượng cung cấp dịch vụ trực tuyến phục vụ đội ngũ sinh viên và cá nhân, cơ quan, tổ chức có liên quan trong và ngoài trường. 

Trãi qua nhiều giai đoạn, với nhiều tên gọi khác nhau, Văn phòng Trường đã có nhiều đóng góp quan trọng trong tiến trình hình thành và phát triển của Đại học Cần Thơ.